相続税の申告後に財産漏れや評価誤りが分かったとき、いつ修正申告するかで加算税は大きく変わります。調査通知前、通知後、具体的な指摘後の違いを、実務で使う順番に整理します。
相続税の申告後に財産漏れや評価誤りが分かったとき、いつ修正申告するかで加算税は大きく変わります。
調査通知前かどうかを起点に、加算税と延滞税の違いを整理します。
相続税の申告後に財産の申告漏れ、評価誤り、生前贈与の加算漏れ、名義預金の疑いなどに気づいた場合、最初に確認すべき分岐は「税務署から調査通知を受けたか」です。ここを見誤ると、同じ修正申告でも加算税の扱いが大きく変わります。
次の重要ポイントは、提出時期ごとの軽減効果を一目で確認するためのものです。読者にとって重要なのは、調査通知前、通知後、具体的な指摘後で負担がどう変わるかを早く把握し、どの段階にいるかを確認することです。
期限内申告をしていた人が、調査通知前かつ更正等予知前に自主的に修正申告をした場合、過少申告加算税は原則として課されません。ただし、追加本税に対する延滞税は原則として別に発生します。
次の一覧は、相続税の申告誤りに気づいた場面を3つの段階に分けたものです。どの段階かで加算税の率が変わるため、まず左から順に自分の状況に近い時点を読み取ることが重要です。
期限内申告済みで、税務署から調査通知を受ける前に自主的に修正申告する段階です。過少申告加算税は原則として課されません。
調査通知は受けたものの、具体的な非違事項を指摘される前の段階です。過少申告加算税は5パーセント、一定の多額部分は10パーセントに軽減されます。
調査で具体的な申告漏れを指摘された後の段階です。過少申告加算税は原則10パーセント、一定の多額部分は15パーセントになります。
相続税では、被相続人名義の預貯金、証券口座、貸金庫内財産、暗号資産、海外資産、名義預金、名義株、家族名義の保険料負担、過去の贈与、土地評価、非上場株式評価、小規模宅地等の特例、債務控除、葬式費用、生命保険金の非課税枠などが後から問題になることがあります。誤りに気づいた時点で、事実確認、再計算、修正申告、追加納付を進めることが、ペナルティ軽減の中心になります。
修正申告、期限後申告、更正の請求、調査通知を取り違えないための前提です。
このページで扱うのは、相続税について「すでに申告したが税額が少なかった」と判明した場面が中心です。最初から申告していなかった場合は、修正申告ではなく期限後申告の問題となり、過少申告加算税ではなく無申告加算税を中心に確認します。
次の表は、似た言葉を手続の方向とペナルティの種類で整理したものです。用語の違いを取り違えると、税率や提出書類の検討を誤りやすいため、まず自分の状況がどの行に当たるかを読み取ってください。
| 用語 | 意味 | 相続税で問題になる場面 |
|---|---|---|
| 修正申告 | 期限内申告後に、税額が本来より少なかったことを自ら増額方向に訂正する手続です。 | 申告後に財産漏れや評価誤りが見つかり、追加税額が出る場合です。新たに納める税金は、修正申告書の提出日が納期限になります。 |
| 期限後申告 | 法定申告期限までに申告していなかった人が、期限後に申告する手続です。 | 基礎控除を超える遺産があるのに申告していなかった場合などです。調査通知前でも原則5パーセントの無申告加算税が問題になります。 |
| 更正の請求 | 納めすぎた税金を減額してもらうための手続です。 | 土地評価を高く計算しすぎた、控除や特例を見落とした、債務控除を入れ忘れた場合などです。 |
| 加算税 | 申告義務や納税義務を適正に履行しなかったことに対する行政上のペナルティです。 | 過少申告加算税、無申告加算税、重加算税が中心です。 |
| 延滞税 | 法定納期限の翌日から納付日までの日数に応じて発生する附帯税です。 | 追加本税に対して原則として発生します。加算税に対しては課されません。 |
| 調査通知 | 実地の調査を行う旨、調査対象となる税目、調査対象となる期間の通知をいいます。 | 税務署員が実際に来る前でも、調査通知を受けると「調査通知前」ではなくなります。 |
| 更正等の予知 | 調査により、このままでは更正または決定を受けるだろうと認識する状態です。 | 具体的な非違事項を指摘された後の修正申告は、更正等予知後と評価されやすくなります。 |
相続税の申告と納税は、原則として被相続人が死亡したことを知った日の翌日から10か月以内に行います。期限内申告をした後に税額不足が分かったのか、そもそも申告していなかったのかを分けて考えることが、軽減効果を正しく読む出発点です。2026年中の期間については、納期限までの期間および納期限の翌日から2か月を経過する日までが年2.8パーセント、2か月経過後が年9.1パーセントとされています。
過少申告加算税、無申告加算税、重加算税を時期別に比較します。
次の表は、期限内申告をしていた人が後から相続税の申告漏れを修正する場合の過少申告加算税を、提出時期ごとに整理したものです。時期が右へ進むほど自発的な是正と評価されにくくなるため、税率の上昇を読み取ることが重要です。
| 修正申告の時期 | 過少申告加算税の基本的な扱い | 実務上の意味 |
|---|---|---|
| 調査通知前、かつ更正等予知前 | 原則として課されない | 最も軽減効果が大きい段階です。 |
| 調査通知後、かつ更正等予知前 | 5パーセント。ただし一定の多額部分は10パーセント | 調査開始前でもゼロではありません。 |
| 調査後または更正等予知後 | 10パーセント。ただし一定の多額部分は15パーセント | 通常の過少申告加算税が課されます。 |
一定の多額部分とは、追加で納める税額が、当初の申告納税額と50万円のいずれか多い金額を超える場合の、その超える部分です。調査通知後でも更正等予知前であれば軽減は残りますが、調査通知前の自主的な修正とは差があります。
次の表は、申告自体をしていなかった場合の無申告加算税を整理したものです。修正申告とは別の制度であり、調査通知前でも5パーセントが残るため、期限内申告済みのケースとの違いを読み取ってください。
| 期限後申告の時期 | 無申告加算税の基本的な扱い | 令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税の高額部分 |
|---|---|---|
| 調査通知前に自主的に期限後申告 | 5パーセント | 5パーセントのまま |
| 調査通知後、かつ決定予知前 | 10パーセント。50万円超300万円以下は15パーセント | 300万円超は25パーセント |
| 調査後または決定予知後 | 15パーセント。50万円超300万円以下は20パーセント | 300万円超は30パーセント |
高額な無申告では300万円を超える部分の税率が重くなる一方で、高額無申告を発生させたことについて納税者の責めに帰すべき事由がない場合には適用しない扱いも示されています。相続税では、一定の確認を尽くしたにもかかわらず他の相続人の財産が事後的に判明したような事情が、帰責性の確認対象になります。
期限後申告であっても、法定申告期限から1か月以内に自主的に行われ、期限内申告の意思があったと認められる一定の要件を満たす場合には、無申告加算税がかからない可能性があります。確認点は、期限後申告が法定申告期限から1か月以内に自主的に行われていること、納付すべき税金の全額を法定納期限までに納付していること、過去5年以内に無申告加算税または重加算税を課されたことがないことなどです。相続税では財産調査や遺産分割に時間がかかるため該当場面は限定されますが、単純な提出遅れでは検討対象になります。
次の一覧は、重加算税につながり得る典型的な事情をまとめたものです。単なる評価誤りとは異なり、隠蔽または仮装の有無が問われるため、どの行が資料保存や説明の重点になるかを読み取ることが重要です。
被相続人の現金、預金、貸金庫、証券口座を知りながら相続財産から外した場面です。
実質的に被相続人に帰属すると認識しながら、形式上の名義だけで除外した場面です。
相続開始前贈与や相続時精算課税財産を意図的に隠した場面です。
税理士や税務署への虚偽説明、証拠資料の廃棄、改ざん、出し惜しみがある場面です。
重加算税は、過少申告の場合は原則35パーセント、無申告の場合は原則40パーセントという重い割合になります。ただし、単なる評価誤り、相続人間の情報不足、専門的判断の誤り、被相続人の取引実態を把握できなかった事情だけで、直ちに重加算税になるとは限りません。
追加税額800万円と無申告500万円の例で、時期による差を確認します。
次の表は、当初の相続税申告で納めた税額が300万円、後から申告漏れが判明して追加で納める相続税が800万円という前提の概算です。追加税額800万円のうち、当初申告納税額300万円を超える500万円部分が多額部分になるため、計算欄の分解を確認してください。
| 修正申告の時期 | 計算 | 過少申告加算税の概算 |
|---|---|---|
| 調査通知前、かつ更正等予知前 | 原則不適用 | 0円 |
| 調査通知後、かつ更正等予知前 | 300万円×5パーセント＋500万円×10パーセント | 65万円 |
| 調査後または更正等予知後 | 300万円×10パーセント＋500万円×15パーセント | 105万円 |
次の比較は、同じ追加税額800万円でも提出時期によって過少申告加算税がどれだけ変わるかを示しています。縦の長さは概算額の大きさを表しており、調査通知前に自主的に修正した場合と調査後に提出した場合の差が大きいことを読み取れます。
この例では、調査通知前に自主的に修正申告できれば、調査後に修正した場合と比べて過少申告加算税だけで約105万円の差が出ます。調査通知後であっても、更正等予知前に提出できれば、調査後に提出する場合と比べて約40万円の差が出ます。
次の表は、申告自体をしておらず、期限後申告によって納める相続税が500万円という前提の概算です。令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来するものとして、50万円、300万円、300万円超の区分を読み取ってください。
| 期限後申告の時期 | 計算 | 無申告加算税の概算 |
|---|---|---|
| 調査通知前に自主的に期限後申告 | 500万円×5パーセント | 25万円 |
| 調査通知後、かつ決定予知前 | 50万円×10パーセント＋250万円×15パーセント＋200万円×25パーセント | 92万5,000円 |
| 調査後または決定予知後 | 50万円×15パーセント＋250万円×20パーセント＋200万円×30パーセント | 117万5,000円 |
無申告の場合は、調査通知前に自主的に期限後申告しても原則5パーセントの無申告加算税が残ります。それでも、調査後に期限後申告する場合と比べると、無申告加算税だけで約92万5,000円の差が出ます。
相続税特有の財産把握の難しさと調査リスクを整理します。
加算税制度の根底には、申告納税制度の秩序維持と自主的な是正の促進という二つの考え方があります。正しく申告した納税者との公平を保つ一方で、税務署に指摘される前に誤りを正す行動は制度上も重視されています。
次の表は、相続税調査の公表統計から、税務署が相続税の申告漏れに強い関心を持っていることを示す数字を整理したものです。件数、非違割合、追徴税額を並べて見ることで、連絡が来るまで放置するリスクの大きさを読み取れます。
| 区分 | 件数・割合 | 追徴税額 | 読み取るポイント |
|---|---|---|---|
| 実地調査件数 | 9,512件 | 824億円 | 申告漏れ等の非違件数は7,826件、非違割合は82.3パーセントです。 |
| 簡易な接触 | 21,969件 | 138億円 | 簡易な接触でも申告漏れ等の非違件数は5,796件とされています。 |
次の一覧は、相続税で早期修正申告が特に重要になる理由を、財産把握、税務署の関心、相続人間紛争、評価実務に分けたものです。どの理由も、時間が経つほど資料整理や説明が難しくなる点を読み取ってください。
高齢の親が管理していた通帳、ネット銀行、証券口座、保険契約、貸金庫、未収入金、過去の贈与、海外金融口座などは、相続開始後に初めて発見されることがあります。
相続税の申告漏れは重点的な確認対象です。税務署から連絡が来るまで放置すると、調査通知前の最も有利な段階を失う可能性があります。
使い込み疑い、名義預金、特別受益、寄与分、遺留分、遺言の有効性をめぐる証拠収集の過程で、課税財産が明らかになることがあります。
土地、非上場株式、事業用資産などは専門判断が必要です。低すぎた評価は修正申告、高すぎた評価は更正の請求が問題になります。
早期に発見経緯と確認努力を整理し、必要に応じて修正申告をすることは、単に加算税率を下げるだけではありません。故意性や重加算税リスクをめぐる説明資料にもなります。
税務署からの連絡内容を、加算税軽減の判定に結びつけます。
調査通知前かどうかの判断では、税務署員が実際に家や事務所に来たかだけを見てはいけません。調査通知は、実地の調査を行う旨、調査対象となる税目、調査対象となる期間の3項目が通知されることをいいます。
次の判断の流れは、申告誤りに気づいた時点から、調査通知、更正等予知までの位置づけを確認するものです。分岐の順番が重要で、早い段階にいるほど加算税の軽減幅が大きいことを読み取ってください。
財産、評価、贈与、債務控除、特例の誤りを確認します。
実地調査の実施、税目、対象期間の通知を確認します。
期限内申告済みなら過少申告加算税は原則不適用です。
更正等予知前かどうかを慎重に確認します。
過少申告加算税は5パーセントまたは10パーセントに軽減されます。
原則10パーセントまたは15パーセントの通常税率になります。
単に自分で誤りに気づいた、税務署から一般的な照会が来た、調査日程の調整連絡を受けたというだけで、直ちに更正等の予知があると決まるわけではありません。他方、調査の過程で具体的な非違事項を指摘された後に提出する修正申告は、更正等を予知してされたものと評価されやすくなります。更正等の予知をめぐっては、調査開始説、客観的確実性説、具体額発見説などの考え方が議論されており、実務では事実関係を細かく整理する必要があります。
調査通知を受けたからといって直ちに諦める必要はありません。調査初日までに提出すれば必ず有利になると単純化はできませんが、具体的な非違事項を指摘される前に、納税者側で誤りを整理して提出することには意味があります。
資料確認、再計算、納付資金、提出方法を順番に整理します。
早期修正申告は、誤りを見つけた日にそのまま数字だけを直せばよい手続ではありません。財産の存在、所有者、帰属、評価額、取得者、特例適用、債務控除、贈与加算の有無を確認し、追加納付まで見通す必要があります。
次の時系列は、申告漏れに気づいてから修正申告と納付に進むまでの実務上の順番を示しています。順番を飛ばすと、後から説明が難しくなったり延滞税が増えたりするため、左から下へ進む流れとして読み取ってください。
追加で課税される可能性がある財産、評価、取得者、特例、債務、贈与を確認します。
税額が増える相続人は修正申告、税額が減る相続人は更正の請求を検討します。
提出日が新たな納期限になるため、預金解約、不動産売却、代償金調整、延納や物納の可能性を確認します。
e-Tax、郵便や信書便、税務署の時間外収受箱への投函などの提出方法を確認し、資料に基づいて計算します。
民事上の最終解決を待つと延滞税や加算税のリスクが拡大することがあります。税務上の説明と民事上の主張の整合性を確認します。
次の表は、事実関係を確定するために確認する資料の例です。資料の種類ごとに、何を確認するためのものかが異なるため、漏れやすい財産や評価論点を探す手掛かりとして読み取ってください。
| 資料の種類 | 確認する主な論点 |
|---|---|
| 通帳、取引明細、残高証明書 | 被相続人と相続人の金融機関、資金移動、名義預金、貸金庫、未把握口座を確認します。 |
| 証券会社、保険会社、信託銀行、ネット銀行、暗号資産交換業者の資料 | 有価証券、保険契約、信託財産、デジタル資産の有無と評価を確認します。 |
| 不動産登記事項証明書、固定資産税課税明細、路線価図、評価倍率表、賃貸借契約書 | 土地建物の漏れ、評価額、貸付状況、私道、借地権などを確認します。 |
| 贈与契約書、贈与税申告書、送金記録、支払記録 | 生前贈与、相続開始前贈与、相続時精算課税、生活費や教育費の実態を確認します。 |
| 遺言書、遺産分割協議書、調停調書、審判書、遺留分合意書 | 取得者、取得割合、民事上の主張と税務上の説明の整合性を確認します。 |
| 確定申告書、青色申告決算書、法人関係資料、貸付金資料 | 事業用資産、未収入金、貸付金、非上場株式評価に関係する情報を確認します。 |
税理士だけでなく、紛争・登記・評価・資金計画の連携も確認します。
相続税の修正申告では、税額計算だけでなく、相続人間の紛争、不動産評価、登記、納税資金、事業承継が同時に動くことがあります。役割を分けて考えると、どの専門職にどの資料を渡すべきかを整理しやすくなります。
次の一覧は、修正申告の周辺で関与し得る専門職と役割をまとめたものです。読者にとって重要なのは、税務だけで完結する場面と、民事・登記・評価・資金計画を同時に整える場面を見分けることです。
相続税申告、修正申告、更正の請求、税務代理、税務調査対応の中心です。加算税や延滞税の見通し、税務署への説明方針を担います。
税額計算調査対応相続人間の紛争、遺留分、使い込み疑い、名義預金の帰属、遺言の有効性、調停、審判、訴訟を扱います。税務上の説明と民事上の主張の整合性も確認します。
紛争整理主張調整相続登記、不動産の名義変更、戸籍収集、登記関係書類、裁判所提出書類作成などを担います。不動産の漏れや名義の誤りがあるときに重要です。
登記不動産鑑定士、土地家屋調査士、宅地建物取引士などは、境界、地積、市場価格、利用制限などの整理に関わります。相続税評価額と時価の違いにも注意が必要です。
不動産評価ファイナンシャル・プランナー、金融機関、保険会社は、納税資金、保険金、預金払戻し、資産売却、相続後の生活設計の整理に関わります。
納税資金相続税が発生している、または発生しそうな場合には、まず税理士への相談が必要です。使い込み、名義預金、特別受益、遺留分などが争点になっている場合には、弁護士と税理士が共同で確認する場面が多くなります。
軽減効果を過大評価せず、延滞税や調査継続の可能性も確認します。
税務調査前の修正申告では、「調査前なら必ずゼロ」「税理士に任せていたから大丈夫」といった思い込みが判断を遅らせることがあります。誤解を解いておくと、加算税と延滞税を分けて冷静に確認できます。
次の一覧は、相談現場で混同されやすい誤解と実際の注意点を整理したものです。どの誤解も、結論が事実関係や時期で変わるため、断定ではなく確認項目として読み取ってください。
過少申告加算税は調査通知前かつ更正等予知前なら原則不適用ですが、延滞税は別です。申告自体をしていない場合は無申告加算税も問題になります。
税務署員が実際に来る前でも、すでに調査通知を受けていれば通知前ではありません。通知後・予知前の中間段階になります。
税理士に依頼していた事情は考慮される場合がありますが、それだけで当然に免除されるわけではありません。資料提供や事実説明が重要です。
各相続人の取得財産と税額に影響する可能性があります。本人に帰責性がない事情は、発見経緯と確認努力の記録によって説明します。
自主的に修正申告をしても、税務署が内容を確認し、追加調査を行う可能性は残ります。修正申告は説明の出発点を整える手続です。
預金、名義預金、土地評価、贈与、海外資産の確認ポイントです。
申告漏れの原因によって、修正申告の要否、重加算税リスク、民事上の調整は変わります。代表的な事案別に、何を確認すべきかを先に整理しておくと、専門家へ相談する際の資料準備も進めやすくなります。
次の一覧は、新たな預金、名義預金、土地評価、生前贈与、海外資産という典型論点ごとの判断枠組みです。各項目では、事実確認の対象と税務リスクの違いを読み取ってください。
被相続人名義の預金が漏れていた場合は、相続財産に加算し、取得関係を整理して修正申告を検討します。金融機関照会、貸金庫確認、ネット銀行利用など、発見経緯を具体化します。
資金源、管理支配、通帳印鑑の保管者、贈与契約、贈与税申告、使用状況を確認します。実質帰属を知りながら外したのか、専門的判断に迷いがあったのかで評価が変わります。
地積、形状、間口、奥行、道路付け、利用制限、貸付状況、私道、セットバック、都市計画、土砂災害区域、倍率地域などを確認します。過小評価なら修正申告、過大評価なら更正の請求を検討します。
暦年課税の相続開始前贈与、相続時精算課税適用財産、教育資金や結婚子育て資金の残額、生命保険料負担などを確認します。贈与契約書、送金記録、贈与税申告書が重要です。
海外預金、海外証券、海外不動産、海外保険、外国法人持分では、評価、為替換算、納税義務者の範囲、国外財産調書、租税条約、情報交換制度が関係します。
海外資産は、税務署が把握しにくいと思い込んで放置するのが危険です。判明した時点で、相続税と国際税務に詳しい専門家へ相談する必要があります。
提出前に確認すべき時期、金額、資料、専門職連携を整理します。
修正申告を提出する前には、税率だけでなく、通知の有無、追加税額、帰責性、重加算税リスク、相続人間の影響を一つずつ確認します。先に確認表を作ると、税理士や弁護士へ相談した際の論点漏れを減らせます。
次のチェックリストは、提出前に確認すべき項目を「時期」「金額」「リスク」「周辺事情」に分けたものです。各行の確認結果によって、修正申告の急ぎ方、専門職の関与、説明資料の準備が変わることを読み取ってください。
| 区分 | 確認項目 |
|---|---|
| 時期 | 当初申告は期限内申告か、期限後申告か。税務署から調査通知を受けているか。すでに具体的な非違事項の指摘を受けているか。 |
| 金額 | 追加で納める税額はいくらか。当初申告納税額と50万円のいずれが大きいか。無申告の場合、法定申告期限は令和6年1月1日以後に到来するものか。 |
| 帰責性 | 300万円を超える無申告部分について、本人に帰責性がない事情があるか。発見経緯と確認努力を説明できるか。 |
| 重加算税 | 隠蔽または仮装と評価され得る行為があるか。虚偽説明、資料廃棄、改ざん、意図的な除外がないか。 |
| 納付 | 延滞税の概算と納付資金を確認したか。修正申告と納付を同日または近接日に行えるか。 |
| 相続人間 | 他の相続人の税額に影響するか。遺産分割、遺留分、使い込み疑いとの整合性を確認したか。 |
| 専門職 | 税理士、弁護士、司法書士、不動産鑑定士等の連携が必要か。 |
次の優先順位は、申告漏れに気づいた直後の行動順を示しています。順番に進めることで、調査通知前の有利な段階を失わず、追加納付と相続人間の調整を同時に進めやすくなります。
調査通知前なら、最も有利な段階にいます。急いで再計算します。
申告漏れ財産の額ではなく、追加で納める相続税額が加算税の計算基礎になります。
いつ、誰が、どの資料から発見したのかを記録します。重加算税リスクの説明に役立ちます。
提出だけして納付しないと延滞税が増えます。
追加税額を誰が負担するか、遺産分割や代償金とどう整合させるかを検討します。
よくある疑問を、一般情報として整理します。
一般的には、電話の内容が一般的な照会や行政指導なのか、調査通知なのか、具体的な非違事項の指摘なのかで扱いが変わるとされています。調査通知前であれば過少申告加算税が課されない可能性があり、調査通知後でも更正等予知前なら5パーセントまたは10パーセントに軽減される可能性があります。具体的な対応は、連絡内容と資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。
一般的には、調査通知後であっても、更正等予知前なら過少申告加算税は通常より低い5パーセントまたは10パーセントになる可能性があります。無申告の場合も、決定予知前なら調査後より低い税率になる可能性があります。ただし、連絡内容、指摘の有無、資料状況によって判断が変わるため、具体的には専門家へ相談する必要があります。
一般的には、延滞税は納付遅れに対する附帯税であり、修正申告が自主的であっても追加本税について発生するとされています。早く納付するほど延滞税の増加を止められます。ただし、実際の金額は納付日、税額、適用期間で変わるため、具体的な計算は税理士等の専門家へ確認する必要があります。
一般的には、早期の自主修正は重加算税リスクの管理に重要とされています。ただし、隠蔽または仮装があるか、調査通知や更正等予知との関係、発見経緯、資料提出状況によって判断が変わります。故意に隠した財産が疑われる場面では、税理士と弁護士等の専門家へ速やかに相談する必要があります。
一般的には、相続税は相続人ごとに税額が計算されるため、税額が増える相続人だけが修正申告を行い、税額が減る相続人は更正の請求を行う可能性があります。ただし、遺産分割や取得財産の変更が他の相続人に波及することがあります。具体的には全体計算を行ったうえで専門家へ相談する必要があります。
一般的には、修正申告は誤りを是正する正規の手続です。誤りを知りながら放置すると、加算税、延滞税、重加算税のリスクが高まる可能性があります。ただし、提出内容の合理性や資料の整備状況によってその後の確認は変わるため、具体的には税理士等の専門家へ相談する必要があります。
早期の事実確認と追加納付が、加算税と延滞税の負担を左右します。
税務調査前に修正申告をした場合のペナルティ軽減効果は、相続税実務において非常に大きいものです。最も重要な分岐点は、調査通知前に自主的に修正申告できるかどうかです。
期限内申告をしていた場合、調査通知前かつ更正等予知前に修正申告をすれば、過少申告加算税は原則として課されません。調査通知後であっても、更正等予知前なら、過少申告加算税は5パーセントまたは10パーセントに抑えられます。調査後または更正等予知後になると、10パーセントまたは15パーセントとなります。
無申告の場合は、調査通知前に自主的に期限後申告しても原則5パーセントの無申告加算税が残りますが、調査通知後や調査後に比べれば大きく軽くなります。令和6年1月1日以後に法定申告期限が到来する高額無申告では、300万円超部分の税率が重くなるため、早期申告の効果はさらに大きくなります。