事業譲渡の消費税・
不動産取得税の扱い

事業譲渡は事業を構成する資産等の移転です

事業譲渡とは、会社または個人事業主が営む事業の全部または一部を、他者に移転する取引です。実務上は営業譲渡と呼ばれることもあります。中心になるのは、単体の機械や在庫だけでなく、一定の事業目的のもとに有機的に結合した財産、契約関係、顧客基盤、従業員、許認可、ノウハウ、ブランド、営業権などを、事業単位で移転させる点です。

ただし、事業譲渡は包括承継ではありません。株式譲渡では会社の株主が変わるだけで、会社が保有する資産・契約・許認可は原則として同一法人内に残ります。これに対し、事業譲渡では、資産ごと、契約ごと、権利義務ごとに移転手続が必要です。取引先契約では相手方同意、許認可では再取得や変更届出、従業員の雇用契約では個別同意や新規契約が問題になることがあります。

次の比較表は、事業譲渡と他のM&Aスキームについて、法的な移転方法、消費税、不動産取得税の見方を並べたものです。スキーム選択によって税負担だけでなく、承継手続やリスクの残り方も変わるため、どの列に自社の取引が当てはまるかを確認することが重要です。

中小企業庁の不動産取得税特例でも、事業譲渡の場合の軽減税率と、合併・一定の会社分割の場合の非課税が区別されています。もっとも、税負担だけでスキームを選ぶべきではありません。事業譲渡には不要な負債、偶発債務、訴訟リスク、問題契約を切り離しやすい利点がある一方で、契約承継、許認可、従業員移籍、不動産移転、登録免許税、不動産取得税、消費税の処理が複雑になりやすい面があります。

対価総額だけでは不十分です

事業譲渡契約で、譲渡対象資産の価格配分が明示されていない場合、消費税の計算、会計処理、法人税・所得税、固定資産登録、減価償却、不動産取得税、登録免許税、買主の資産計上、金融機関説明のすべてに影響が及びます。

たとえば、土地、建物、機械装置、車両、棚卸資産、売掛金、商標権、顧客リスト、営業権・のれんが含まれる事業譲渡では、土地や売掛金は非課税領域に入り得る一方、建物、機械装置、棚卸資産、商標権、営業権などは課税資産として整理されます。契約書でこれらを分けず、総額だけを定めると、売主・買主双方に税務リスクが残ります。

土地と建物の一括譲渡では合理的按分が必要です

土地と建物を一括して譲渡した場合、消費税上、土地の譲渡は非課税であるため、建物部分についてのみ課税されます。不動産を含む事業譲渡でも、土地・建物・設備・のれんを一括して譲渡する場合、建物部分を過小に、土地部分を過大に配分すれば、消費税負担を不当に低く見せることになります。逆に、建物部分を過大に配分すれば、売主の消費税納税額や買主の仕入税額控除に影響します。

次の表は、土地・建物・設備・のれんを合理的に分けるために使われる資料を整理したものです。各資料は見る角度が異なるため、単独ではなく複数を突き合わせ、価格配分の根拠としてどの程度使えるかを読み取ることが重要です。

契約書の別紙資産明細が税務証拠になります

次の表は、別紙資産明細に最低限入れておきたい項目です。税務調査時には、なぜこの金額を建物部分としたのか、なぜこの金額をのれんとしたのか、売掛金と棚卸資産を何に基づいて分けたのかが問われるため、列ごとに説明資料へつながる形にしておくことが重要です。

対価配分条項の考え方

条項例を置く場合は、そのまま流用するのではなく、個別案件の契約構造に合わせて調整します。一般的には、譲渡価額を別紙資産明細の合計額とし、課税資産部分にのみ消費税等を加算し、土地・土地の上に存する権利・有価証券・金銭債権などには消費税等を加算しないことを明確にします。

1. 譲渡価額は、別紙の譲渡対象資産明細に記載する各資産の譲渡価額の合計額とする。
2. 消費税法上課税資産の譲渡に該当する部分について、買主は法令上適用される消費税および地方消費税相当額を加算して支払う。
3. 土地、土地の上に存する権利、有価証券、金銭債権その他非課税とされる資産については、消費税等を加算しない。
4. 売主は、クロージング日に、法令上必要な記載事項を満たす適格請求書を交付する。売主が適格請求書発行事業者でない場合、当事者は仕入税額控除への影響を踏まえて譲渡価額の調整方法を協議する。
5. 税務当局その他公的機関により取扱いに見解の相違が生じた場合、当事者は原因、帰責性、表明保証違反の有無を踏まえて誠実に協議する。

不動産取得税は買主側の税負担です

不動産取得税は、土地や家屋を取得した人に課される都道府県税です。事業譲渡で土地・建物が買主に移転する場合、買主は不動産取得税の納税義務者となる可能性があります。これは消費税とは方向が異なります。消費税は売主が納税義務者となる一方、実務上は買主が対価に上乗せして負担することが多い税です。不動産取得税は、買主が不動産取得者として直接納める税です。

登記の有無、有償・無償だけで判断しません

不動産取得税でいう取得は、登記をしたかどうかだけで決まるものではありません。登記の有無、有償・無償にかかわらず、法律上の原因に基づいて不動産の所有権を現実に取得するかを確認します。事業譲渡契約で不動産を譲渡すると定め、所有権が移転するのであれば、所有権移転登記の時期や代金の支払方法にかかわらず、不動産取得税を検討します。

課税標準は購入価格そのものではありません

不動産取得税の税額は、一般に不動産の価格、すなわち課税標準額に税率を掛けて計算されます。この課税標準額は、購入価格や建築工事費ではなく、原則として固定資産課税台帳に登録されている価格などが基礎になります。事業譲渡の価格配分と不動産取得税の課税標準は必ず一致するわけではありません。

次の比較表は、不動産取得税の基本税率を用途別に整理したものです。土地・住宅と事業用家屋では税率が異なるため、取得する不動産の用途を分けて読み、工場・店舗・倉庫など住宅以外の家屋が含まれるかを確認することが重要です。

令和9年3月31日までの取得について、土地3％、家屋のうち住宅3％、住宅以外4％という時限的軽減措置が示されています。事業譲渡では、工場、店舗、事務所、倉庫、ホテル、旅館、医療施設、介護施設、物流施設、賃貸用オフィスビルなど、住宅以外の家屋が含まれることが多く、この場合は4％が基本線になります。ただし、事業承継等に係る特例が適用されると、住宅以外の家屋について3.3％に軽減される可能性があります。

事例設定

以下は理解を助けるための単純化した例です。実務では、固定資産評価額、帳簿価額、時価、鑑定評価、棚卸評価、運転資本調整、負債引受、税率、軽減措置、端数処理、インボイス、会計処理等により結果が変わります。

次の表は、買主A社が売主B社から製造事業を事業譲渡により取得する場面で、契約上の評価額と消費税区分を整理したものです。どの行が課税資産で、どの行が非課税領域に入るかを分けて読むことで、消費税の計算対象が対価総額ではないことを確認できます。

消費税の計算

次の計算式は、課税資産部分だけを足し上げ、標準税率10％を掛ける考え方を示しています。土地300,000,000円と売掛金40,000,000円には消費税等を加算しないため、課税対象額が対価総額630,000,000円より小さくなる点を読み取ります。

課税資産部分
= 120,000,000円 + 50,000,000円 + 30,000,000円 + 10,000,000円 + 80,000,000円
= 290,000,000円

消費税等相当額（標準税率10％と仮定）
= 290,000,000円 × 10％
= 29,000,000円

この場合、買主が支払う総額は、契約上の譲渡対価630,000,000円に、課税資産部分の消費税等29,000,000円を加えた659,000,000円となる設計が考えられます。ただし、これは売主が課税事業者であり、適格請求書発行事業者であり、取引が標準税率10％対象であることを前提とした単純例です。

不動産取得税の計算

次の表は、不動産取得税の概算に使う固定資産課税台帳登録価格等を整理したものです。契約上の評価額ではなく、課税標準の基礎となる価格を見るため、消費税の資産配分表とは別に確認する必要があります。

次の計算式は、通常税率での概算と、事業承継等に係る不動産取得税の特例が適用された場合の概算を並べたものです。税率の差がそのまま取得コストの差になるため、特例検討のタイミングが資金繰りに影響することを読み取ります。

通常税率での概算
土地の不動産取得税 = 220,000,000円 × 3％ = 6,600,000円
建物の不動産取得税 = 100,000,000円 × 4％ = 4,000,000円
合計 = 10,600,000円

特例適用時の概算
土地の不動産取得税 = 220,000,000円 × 2.5％ = 5,500,000円
建物の不動産取得税 = 100,000,000円 × 3.3％ = 3,300,000円
合計 = 8,800,000円

通常税率との差額 = 1,800,000円

税負担の全体像

次の表は、買主の資金繰り上、譲渡対価、消費税等、不動産取得税、登録免許税、専門家費用を同時に見るための整理です。売主に支払う金額と、都道府県や専門家に支払う金額を分けて読むことで、総取得コストを漏れなく把握できます。

価格交渉では、譲渡対価だけでなく、消費税等、不動産取得税、登録免許税、登記費用、DD費用、PMI費用、システム移行費用、許認可取得費用、従業員移籍費用、在庫評価差額も含めて総取得コストを算定します。

専門職別の役割分担

次の表は、事業譲渡の消費税・不動産取得税を検討する際に、専門職・社内担当者が担う主な役割を整理したものです。契約、税務、会計、不動産、許認可、PMIが相互に影響するため、どの担当がどの論点を持つかを読み取ることが重要です。

契約書の消費税条項は弁護士だけで作成すると税務実務とのズレが生じることがあります。一方、税理士だけで価格配分を設計すると、法的な契約承継や表明保証との整合性が不十分になることがあります。法務・税務・会計・不動産の横断的なレビューが不可欠です。

デューデリジェンスで確認すべき資料

次の表は、消費税に関する資料と確認目的を整理したものです。課税事業者該当性、インボイス、固定資産、棚卸、金銭債権、知的財産権、のれんを同時に見ることで、課税区分と価格配分の根拠を読み取れます。

次の表は、不動産取得税に関する資料と確認目的を整理したものです。課税標準、登記、建物用途、軽減措置、特例手続を別々に確認することで、買主の取得コストと申告手続を読み取れます。

次の表は、法務・会計を横断して確認すべき資料を整理したものです。会社法上の承認、価格調整、融資、従業員移籍、許認可まで含めて読むことで、税務処理だけが契約実務から浮かないようにできます。

Q1. 事業譲渡には必ず消費税がかかりますか。

一般的には、事業譲渡の中に課税資産が含まれ、売主が課税事業者として事業の対価を得て資産を譲渡する場合には、課税対象となる可能性があります。ただし、土地、金銭債権、有価証券等の非課税資産部分、売主が免税事業者である場合、非事業用資産の譲渡である場合などによって結論が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q2. 土地を含む事業譲渡では、土地にも消費税がかかりますか。

一般的には、土地の譲渡は消費税では非課税取引とされています。そのため、土地そのものには消費税を加算しない整理が基本になります。ただし、同じ事業譲渡に含まれる建物、設備、のれん等は課税対象となる可能性があり、土地と建物・設備等の価格配分で結論が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q3. 建物には消費税がかかりますか。

一般的には、事業用建物の譲渡は消費税の課税資産の譲渡として検討されます。土地と建物を一括譲渡した場合、土地は非課税、建物部分のみ課税となるため、譲渡代金を合理的に区分する必要があります。ただし、取引当事者、用途、価格配分、契約内容によって結論が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q4. のれん・営業権には消費税がかかりますか。

一般的には、営業権・のれんは、土地や金銭債権のような非課税資産ではなく、課税資産として検討されます。事業譲渡対価が純資産価額を上回る場合、その超過部分の性質を明確にし、課税資産として消費税計算に含めるかを検討する必要があります。ただし、評価資料や契約上の位置づけによって整理が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q5. 売掛金を譲渡する場合、消費税はどうなりますか。

一般的には、金銭債権の譲渡は消費税上、非課税取引の領域に入るとされています。売掛金を事業譲渡対象に含める場合、棚卸資産や固定資産と混同せず、金銭債権として区分する必要があります。ただし、譲渡対象、回収条件、対価配分によって検討事項が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q6. 買主は支払った消費税を全額控除できますか。

一般的には、買主が課税事業者であり、仕入税額控除の要件を満たす場合に控除を検討できます。ただし、適格請求書等の保存、帳簿保存、課税売上割合、個別対応方式・一括比例配分方式、簡易課税制度、売主のインボイス登録状況等により結論が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q7. 売主が免税事業者の場合、買主はどう注意すべきですか。

一般的には、売主が適格請求書発行事業者でない場合、買主の仕入税額控除に制約が生じる可能性があります。経過措置がある場合でも、全額控除できるとは限りません。価格交渉、消費税条項、インボイス登録、補償条項の整理が必要になります。ただし、取引時期、売主の登録状況、買主の課税方式によって結論が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士等の専門家へ相談する必要があります。

Q8. 不動産取得税は誰が負担しますか。

一般的には、不動産取得税は不動産を取得した人が納める税とされています。事業譲渡で買主が土地・建物を取得する場合、買主側で不動産取得税が問題となるのが通常です。ただし、契約上、売主が一定の協力義務や補償義務を負う場合があり、価格交渉や表明保証によって負担関係の整理が変わる可能性があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士・司法書士等の専門家へ相談する必要があります。

Q9. 事業譲渡では不動産取得税の特例を使えますか。

一般的には、一定の要件を満たす場合、事業承継等に係る不動産取得税の特例を検討できます。中小企業庁は、事業譲渡の場合、計画認定時の税率として、土地・住宅2.5％、住宅以外の家屋3.3％を示しています。ただし、経営力向上計画の策定・認定、申告時の認定書添付、事後報告等が必要であり、自動適用ではありません。具体的な対応は、資料を整理したうえで税理士・行政書士等の専門家へ相談する必要があります。

Q10. 株式譲渡にすれば消費税や不動産取得税を避けられますか。

一般的には、株式譲渡では株式の譲渡自体が消費税の非課税取引の領域であり、対象会社が不動産所有者のままであれば、買主が不動産を直接取得する場面は通常生じません。ただし、株式譲渡では対象会社内の負債、偶発債務、税務リスク、労務リスク、環境リスク等を引き継ぐ可能性があります。税負担だけでスキームを選択せず、法務・税務・会計・事業リスクを総合比較する必要があります。具体的な対応は、資料を整理したうえで弁護士・税理士等の専門家へ相談する必要があります。

事業譲渡の消費税・不動産取得税の扱いで最も重要なのは、事業譲渡を一つの総額取引として粗く処理しないことです。消費税では、譲渡対象を課税資産、非課税資産、不課税・対象外、軽減税率対象に分解する必要があります。土地、金銭債権、有価証券等は非課税領域であり、建物、機械装置、棚卸資産、知的財産権、営業権・のれん等は課税対象となり得ます。

不動産取得税では、買主が土地・建物を直接取得する場合、取得者として都道府県税の負担を負う可能性があります。課税標準は購入価格そのものではなく、原則として固定資産課税台帳登録価格等が基礎となります。事業承継等に係る不動産取得税の特例が適用できる場合には、税率軽減により買主の取得コストが下がる可能性がありますが、経営力向上計画の認定等の事前手続が必要です。

次の重要ポイントは、ここまでの検討を実行前の準備に落とし込むためのものです。資産別区分、合理的な按分、インボイス、不動産取得税特例、資料共有の順に確認すると、想定外の税負担や価格調整紛争を減らしやすくなります。

事業譲渡は、不要な負債や問題資産を切り離しながら事業を承継できる有力なM&A手法です。しかし、消費税と不動産取得税を軽視すると、想定外の税負担、仕入税額控除の否認、価格調整紛争、クロージング遅延を招く可能性があります。価格交渉の初期段階から、弁護士、税理士、公認会計士、司法書士、不動産鑑定士、M&A担当、経理・法務担当が同じ資産明細を共有し、契約書、インボイス、不動産取得税申告、会計処理、登記、PMIまでを一体として設計する必要があります。